化肥的過量和低效施用破壞了農業生態環境，導致使用農產品中硝酸鹽、亞硝酸鹽、重金屬等有害物質殘留量嚴重超標。
化肥包裝袋
報告稱我國農業生產中化肥的施用強度居世界之首。2001年化肥施用量為4253.8萬噸，到2010年增加到5561.7萬噸，十年間增加了30%?；实睦寐蕝s偏低。以氮肥為例，我國耕地面積占全球耕地面積不足10%，但氮肥施用量卻占全世界施用量的1/3；氮肥利用率平均約為45%，遠低于發達國家的60%利用率水平。
雖然我國主要食用農產品總體安全狀況良好，但仍存在較多乃至嚴重的風險隱患，主要表現在：農業生產環境的惡化，工業化帶來的“三廢”導致耕地被污染，重金屬殘留情況較為嚴重；農藥、化肥、農膜等投入品的不當甚至違規違法使用更是使得我國耕地肥力下降，有害物質富集，農產品質量難以達標；生產與流通過程中，化學添加劑的濫用屢禁不止，微生物污染未引起高度重視等。
